Der Name «Burgermeisterli» geht auf Peter Burckhardt zurück, der Ende des 18. Jahrhunderts Bürgermeister der Stadt Basel und Schweizer Landammann war. Er war ein engagierter Aufklärer und trat für die Glaubens- und Gewissensfreiheit ein. Diesem Peter Burckhardt gehörte das Landgut «Mayenfels» bei Pratteln, auf dem, so wird gesagt, das Getränk im Jahr 1783 zum ersten Mal hergestellt wurde. Auch im vierten Band des schweizerischen Idiotikons, der 1901 erschienen ist, kann man lesen, dass Bürgermeister Burckhardt, den «Likör» erfunden habe. Nach heutiger Definition ist das Burgermeisterli aber kein Likör, sondern ein Schnaps.
Eine grössere Produktion des Burgermeisterlis kam in den 1930er-Jahren auf. Damals war man dazu übergegangen, das Produkt auch gewerblich und nicht nur für den Eigengebrauch herzustellen. Damit zusammen hängt, dass der Bund zum Ende des 19. Jahrhunderts und zu Beginn des 20. Jahrhunderts Massnahmen ergriffen hat, um den Alkoholismus, der vor allem in der bäuerlichen und proletarischen Schicht verbreitet war, zu bekämpfen. Der Bund weitete das Einfuhr- und Fabrikationsmonopol im Jahre 1930 auch auf die Obstbranntweine aus. Seither ist das Brennen von allen Spirituosen nur noch konzessionierten Inhabern von Brennereien erlaubt, die dem Staat dafür eine Steuer entrichten müssen. Dadurch ging die Herstellung der verschiedenen Schnäpse, auch des Burgermeisterlis, für den Eigengebrauch rapide zurück, die gewerbliche Herstellung hingegen wurde lukrativer und verbreiteter.
Die Herstellung des Burgermeisterlis ist speziell und auch historisch interessant: Bis in die zweite Hälfte des 20. Jahrhunderts hinein wurden alle Schnäpse zwei Mal gebrannt, um den gewünschten Alkoholgehalt zu erreichen. Mit den heutigen, modernen Brennhäfen ist dies eigentlich nicht mehr notwendig. Dank neuer Verfahren kondensiert der Alkoholdampf mehrmals, bevor er aus dem Kühler fliesst. Dadurch wird der Alkohol stärker und reiner, da er weniger Wasser enthält. Beim Burgermeisterli und anderen Kräuterschnäpsen ist dieser doppelte Brennprozess aber nach wie vor notwendig, da man ungleich mehr Kräuter brauchen würde, wenn man sie direkt in die Kernobstmaische geben würde.
